El Jardín Botánico de Cuenca nace de la necesidad de contar con un espacio destinado al conocimiento, conservación e investigación de la biodiversidad vegetal del sur ecuatoriano; permitiendo a la comunidad formarse integralmente y generar conciencia ciudadana sobre la riqueza ambiental del Azuay y las amenazas que esta enfrenta, considerando la alta diversidad biológica y cultural de la provincia a través de la recreación de ecosistemas de la región. El objetivo principal es conservar el ecosistema andino del país y crear un equipamiento que promueva la investigación, difundiendo la responsabilidad ambiental en el manejo de recursos naturales, como es el agua y el suelo. Se genera investigación y datos, permitiendo a los planificadores, agentes de decisión, y responsables de la gestión, dotar de herramientas calificadas para la toma de decisiones; el proyecto recupera un espacio público ocupado informalmente, transformándolo en un equipamiento para la comunidad. Su localización estratégica incluye el área en torno a las riberas de los ríos Tarqui y Yanuncay. Pese a ubicarse en una zona urbanizada, existe una riqueza florística de especies autóctonas elevada, contando con 64 especies nativas de las 148 inventariadas, esto es, un 43%, considerándose acertada para la implementación del proyecto. El Jardín Botánico comprende alrededor de 24,65 has., desglosadas en tres fases. La primera fase, ya implementada, posee un área de 5,6 hectáreas dentro del sector denominado La Isla, en donde se siembran y conservan especies vegetales, la segunda y tercera etapa tendrán un área en total de 19,05 hectáreas, ubicadas entre el sector de los Tres Puentes y el Puente de Gapal, en estas fases se recuperarán las orillas de los ríos, generando proyectos de agricultura urbana y mejoramiento de parques lineales. La vinculación con su entorno permite flujos peatonales acertados, se preservó las edificaciones patrimoniales existentes y se implementó un total de 1.140m2 de edificaciones complementarias como: administración, auditorio, cafetería, laboratorio, vivero, baterías sanitarias y un mirador. También, el Jardín Botánico cuenta con áreas estanciales exteriores de 5.000m2 distribuidas entre plazas, patios, camineras, pasarelas y un ágora, además de un puente peatonal que cruza el río Yanuncay, potenciando a La Isla como conector peatonal de las orillas. Se cuenta con un muestrario de especies vegetales del austro, apreciadas en un recorrido peatonal entre pasarelas y caminerías. Este trayecto interactivo comprende 1300 metros de longitud de caminerías, permitiendo conocer los diferentes ecosistemas representados: matorral húmedo montano, bosque siempre verde montano alto, bosque de neblina oriente, bosque siempre verde montano bajo, bosque de neblina occidente, páramo herbáceo, matorral seco montano bajo, matorral seco montano alto; y se complementa con los siguientes grupos vegetales: plantas rituales, ornamentales, arboreto de árboles patrimoniales, especies frutales, medicinales, tubérculos andinos, chacra, y una zona de humedal. Actualmente, la Comisión de Gestión Ambiental del GAD de Cuenca (CGA), utiliza las instalaciones del Jardín Botánico. La CGA es una entidad pública descentralizada del Gobierno Local, que gestiona, coordina, lidera la gestión ambiental ejerciendo las competencias de Autoridad Ambiental de Aplicación Responsable en el cantón Cuenca.